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因應二○五○淨零排放，環境部擬針對排碳大戶課徵碳費，運輸業雖未納入首波徵收名單，但仍恐受到電力業因徵收碳費所增加的營運成本影響。根據統計，台鐵的潛在排碳成本最高，高鐵次之。台鐵表示，目前正啟動碳足跡盤查，預計明年第二季取得「產品碳足跡標籤」使用權；高鐵說，已實施減碳措施，票價是否調漲會再討論。

據統計，我二○二一年淨溫室氣體排放量為二億七五三五萬公噸，其中運輸部門碳排量約三五四六點四萬公噸，占總排放量約百分之十一點九四；二○二二年總溫室氣體排放量約二億七三六八點三萬公噸，其中運輸部門碳排量約三四六九點六萬公噸，占總排放量約百分之十二點六八。

交通部表示，若以經濟部「二○二二年燃料燃燒之二氧化碳排放統計與分析」報告，並假設碳費費率為每公噸十美元（約新台幣三二○元），且每公噸都需付費的情況下計算，台鐵的潛在排碳成本最高，約一億二一七萬元；高鐵次之，約八三九○萬元，其次是台北捷運，約四六九○萬元，新北捷運最末，約六十八萬元。

實際上，為了減少排碳量，台鐵近年幾乎全面電氣化，不僅將車齡近卅年的老舊柴油火車逐步汰舊換新，購置的新車，如ＥＭＵ九○○、ＥＭＵ三○○○等電車外，Ｒ二○○型也是屬於柴電車。但也因為這些列車都「吃電」，導致台鐵等軌道運輸的碳排，有極大占比都和電力排放有關。

台大先進公共運輸研究中心主任張學孔，台鐵幾乎全面電氣化，其碳排量及潛在碳費成本也相對增加，但為此苛責大眾運輸並不合理，因為軌道運輸碳排僅占各類交通運輸的百分之二；反觀德國規畫二○三七年前所有動力運具都要使用再生能源，台鐵應參考規畫未來能源使用配比。

台鐵表示，已成立「氣候變遷減緩與調適工作小組」，包括購買新電聯車、持續建置廠站綠電等。此外，各型客運列車已辦理「旅客運輸服務」碳足跡盤查委外服務案，預計明年第二季取得環境部「產品碳足跡標籤」使用權，並將此標籤揭露於車票、手機訂票Ａｐｐ及公司官網等，讓旅客能查詢旅程的碳排放量。

高鐵表示，已推出多項減碳、減塑措施，包含ＬＥＤ燈具更換等。票價是否調漲，每年會評估並報請董事會討論。