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住院醫師納《勞基法》上路，根據私立醫療院所協會估計，包括住院醫師退休金、加班費等，私立醫院一年將因而增加80~90億元成本支出，希望健保在總額中能將增加的人事成本納入基期計算，並隨每年成長，紓解醫院經營壓力。

健保署則表示，擬調高住院醫師10％診察費因應，一年約18.4億元。

台灣私立醫療院所協會理事長朱益宏表示，由於位院醫師納《勞基法》已經蘊釀3、4年，各醫院在人力的調度及補充上，大多以增加專科護理師、醫師助理等做好因應準備，對臨床的影響不大，但醫院在人事成本上，卻因而增加不少，9月即將談明年的健保總額，希望健保在總額中能如實反應醫療院所增加的人事費用，而非以專款撥補。

新光醫院副院長洪子仁表示，住院醫師納《勞基法》是避免基層醫師過勞的進步做法，衛福部以逐步漸進的方式，住院醫師工時由每周88工時逐步縮減至84工時，一直到現在的80工時。

由於其主要針對住院醫師，對醫院來說，應因的時間是足夠的，新制上路後，對民眾不會有太大的影響。

但不可否認的，住院醫師納入《勞基法》對醫院的經營會造成壓力，洪子仁指出，由於住院醫師納入《勞基法》，先不論增補人力的支出，醫院必需為住院醫師提撥6％退休金，加上加班費及不休假獎金等，等於醫院什麼事都沒做「憑白」就要多支出6~8億。

健保署副署長蔡淑鈴表示，對於醫院增加的人事成本支出，健保署則擬調高10％住院醫師的診察費，以醫學中心一般病床為例，住院醫師診察費將由現行的393元提高至432元，若是照顧75歲以上，再加成10％，預計健保一年將增加18.4億的支出，但此案尚需共擬會議討論通過。