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為推動農產品初級加工，農委會修正《農產品生產及驗證管理法》，可望於立法院下會期通過，後續亦將研擬「農產品初級加工場管理辦法」，讓農民取得「初級加工場」登記即可替代工廠登記。

但專家認為，加工場未做好總量管制，仍有汙染農地疑慮；且農產加工若與一般食品加工沒有清楚區隔，亦可能促使工廠轉進農地。

因應小農加工不易取得工廠登記，導致銷售通路受限，農委會擬開放乾燥、粉碎、碾製和焙炒等四大類低風險加工項目，及取得產銷履歷加工驗證、有機加工驗證者從事農產初級加工，並限定加工場規模以建築樓地板面積200平方公尺為限。

地球公民基金會專員吳其融表示，農委會目前開放四大類加工，許多國家皆允許在農地區位上進行，但這類加工場的廢水氮含量較高，故農委會仍應對加工場排廢量體做總體控管，以降低對農地的汙染。

好食機農食整合公司創辦人謝昇佑認為，僅以四大類加工的理論值認定為食安低風險可能不夠嚴謹，也應考慮產量規模，目前以建築面積為限無法有效規範產能，應考慮比照《工廠管理輔導法》設定電力容量、熱能的限制。

他並指出，缺乏總量管制，加工環境每天要大量清洗，台灣農地又灌排不分離，加工廢水亦可能造成灌溉水汙染。

謝昇佑提醒，目前對農產品加工的定義不夠周延，無法與既有的食品加工明顯區隔，可能導致同樣的加工品，在加工場與食品工廠卻是兩套標準，將促使食品工廠改作加工場以規避嚴格管制的疑慮。

彰化縣環保聯盟總幹事施月英也質疑，政府宣稱對農地違章工廠即報即拆、斷水斷電，但許多經民團檢舉案例，卻常常能夠繼續蓋下去，政府的執行效率已讓人失去信心，未來工廠假借農產加工場的名義進入農地不是不可能。