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空汙、亞泥等環保議題引發各界關注，但環保署升格環境資源部討論近10年，至今未成立。立委表示，環資部遲遲無法成立，關鍵還是在各部會的「本位主義」，牽涉龐大的資源、權力與預算分配，相關部會持續角力，希望行政院長賴清能盡快整合意見、拍板。

行政院組織法民國99年三讀修正通過，明訂行政院轄下37個部會將整併為29個，101年啟動組織改造，目前還有6部會未完成組改，包括將由交通部改制的交通及建設部、經濟部改制的經濟及能源部、行政院環境保護署升格為環資部、農委會升格為農業部。

民進黨立委賴瑞隆說，過去大家對環境議題不夠重視，環資部成立可宣示政府對環境的重視與優先性，但談到環境範疇很廣，環資部到底應納入哪些單位，林務、林產、國家公園等是否納入目前仍在爭執。他主張林務局、國家公園都應該納入環資部，才能有效整合相關業務。

海洋大學教授邱文彥說，環資部從民進黨扁政府時期就在討論，當時的研考會主委葉俊榮、立委田秋堇等人都很關注，希望管理水土林的相關部會，都要納入環資部，才能從山林到平地、上游到下游一體管理，但因過於龐大，外界擔心環資部可能成為「超級大部會」。

邱文彥說，國家公園部分，內政部以土地管理的角度出發，希望不要納入環資部；但他認為，若國家公園要留在內政部，不能只是管理國家公園，未來須管理全國的公園綠地系統。