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為挹注長照資源，蔡政府修法以提高每支菸的菸稅一元，預估每年可挹注長照財源233億元。但立院預算中心警告，菸稅原本就是醫療發展基金等四個衛福基金重要財源，提高菸稅恐抑制菸品消費，恐反而導致健康捐收入大減，影響醫療發展。

立院預算中心表示，菸稅短缺後，首當其衝將影響政府補助乳癌篩檢、子宮頸抹片檢查、孕婦超音波檢查等健保補助經費。

立院預算中心指出，包含醫療發展基金、全民健康保險紓困基金、菸害防制及衛生保健基金與疫苗基金等四個公衛基金，百餘億的基金運作經費，平均逾八成來自於菸稅收入，且自民國104年起，菸稅補助預算占比還逐年攀高，年補助都達百億以上。

其中，又以菸害防制及衛生保健基金預算依賴菸稅補助最多，近三年每年菸稅補助都高達年度基金預算的97%以上，今年度占比更擴大至99.79%。

但立院預算中心表示，從民國102年度起，我國菸稅收入每年均在300億元以上，但提高菸稅後，衛福部國民健康署預估，漲稅將抑制菸品消費，自明年起菸稅稅收卻僅剩235億元，與當初宣稱提高菸稅每年就可增加233億元菸稅收入評估大相逕庭。

預算中心以依賴菸稅收入最多的「菸害防制及衛生保健基金」為例，指該基金被用於協助攤還國健署短撥基金中的全民健保基金24億元，還接手承擔補助國健署乳癌篩檢、子宮頸抹片檢查、孕婦超音波檢查經費，近三年就達48億元，菸稅若短缺影響不小。