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台糖公司本業與8大事業近年連年虧損，立法院預算中心報告指出，台糖在資金運用方面也出現問題，近年來經營績效，因出售土地面積減少，呈現下降趨勢；部分轉投資事業甚至已連續3年虧損，或連續3年獲利衰退，台糖應研擬具體改善措施，以提高資金運用效益。

預算中心指出，近5年來台糖公司本期淨利、總資產報酬率及權益報酬率等重要財務指標，「取決於當年度出售土地收益多寡」，例如104年出售土地面積163.25公頃，較前一年年增加近52.55公頃，當年出售土地的淨利益97億1343萬4千元，比103年增加近77億收入。

不過，預算中心說，台糖106年及107年預計出售土地面積大幅減少，影響獲利情形，總資產報酬率及權益報酬率隨之下降，顯示該公司高度依賴出售土地獲取盈餘，一旦相關收入不如預期，經營績效將隨之劣化。

國內外轉投資方面，預算中心說，截至105年12月，台糖共19項轉投資案，總投資金額62億8584萬元，配合政府政策投資的台灣證交所、中宇環保工程、台灣花卉、聯亞生技、台灣高鐵、亞洲航空、義典科技與太景醫藥，投資金額達31億8128萬元，投資淨收益1億7273萬元，投資報酬率為5.43%。預算中心直言，「部分轉投資事業經營績效欠佳，投資效益偏低」。

預算中心指出，台糖部分轉投資事業連續3年虧損，或連續3年獲利衰退，如太景醫藥103年至105年淨損分別為4.03億、4.12億餘及2.5億餘，營運雖有改善，但仍呈現虧損；台灣證交所、中宇環保、輝瑞生技、星能電力及義典科技等公司雖有獲利，但105年的盈餘遠低於104年度及103年度，其中以證交所獲利衰退情形最嚴重。