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台灣美國商會建議中科院降低國內研發計畫之「本土製造比例」（即自製率）門檻，加強推動國際合作。但這項建議也被外界質疑蔡政府標榜的國艦國造、自主國防不見了。學者坦言，核心技術得靠自己發展，很難寄望對方轉讓，不過就成本考量，美國商會的建言不是沒道理，最終本土製造比例究竟該設定多高，要看個案。

國防安全研究院國防戰略與資源研究所所長蘇紫雲說，《國防法》明定「發展國防科技工業，獲得武器裝備，以自製為優先，向外採購時，應落實技術轉移，達成獨立自主之國防建設。」我們的政策目標雖然是要國防自主，可是對於自主並沒有設定明確且統一的門檻。

蘇紫雲解釋，中科院研發計畫的零附件要超過一定比例才能稱為國造自製，普遍來說至少要7成，我們的國造飛彈品質還不錯，自製率更可能達8成以上，但在一些特定項目，台灣可能無法達7成自製目標。蘇紫雲舉例，潛艦國造大概只能達到5成多；另外像是戰鬥機，如果要搞出國產引擎，花費恐會是天文數字，「因此土本製造比例要看不同個案需求調整，這樣才較符合現代管理精神。」

此外，美國商會也建議透過「工合點數加成」以提供誘因，吸引國際企業與本土企業合作。蘇紫雲則認為，實務上有困難，畢竟對國際企業來說，核心技術是永續生財關鍵，很難要求對方轉讓。

中科院低調回應，尊重台灣美國商會所提出之建議，但也表示中科院在推動國防自主的各項工作，都是依據政府法令與要求，並不會特地偏向特定廠商。